新疆維吾爾自治區(qū)疾控中心于2002年5月經(jīng)自治區(qū)編委批準(zhǔn)，是由原自治區(qū)地方病防治研究所、衛(wèi)生防疫站、結(jié)核病防治研究所三家正縣（處）級(jí)單位合并組建的全額撥款事業(yè)單位（屬公益一類(lèi)），隸屬自治區(qū)衛(wèi)生健康委。

根據(jù)自治區(qū)三定方案，中心現(xiàn)承擔(dān)組織實(shí)施自治區(qū)重大疾病預(yù)防控制策略與措施，提供公共衛(wèi)生監(jiān)測(cè)與信息服務(wù)，確定重大公共衛(wèi)生問(wèn)題，調(diào)查處理重大疫情、群體性不明原因疾病和突發(fā)公共衛(wèi)生事件，開(kāi)展預(yù)防醫(yī)學(xué)領(lǐng)域相關(guān)研究工作，開(kāi)展實(shí)驗(yàn)動(dòng)物研究及質(zhì)量檢測(cè)工作六項(xiàng)工作職能。

是全區(qū)疾病預(yù)防控制業(yè)務(wù)指導(dǎo)中心、預(yù)防醫(yī)學(xué)研究中心、科研培訓(xùn)中心和信息管理中心。中心成立了徐建國(guó)-高福雙院士工作站和自治區(qū)博士后管理工作站，分別在阿克蘇、和田、克州設(shè)立了工作站。